在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

故事从战兔在公路上骑着摩托车，接到美空和纱羽姐的电话开始。万丈去参拜香澄（女朋友）的墓，一海去参拜三羽鸦的墓，幻德则睡觉。三都的知事的演说开始了，战兔将一对姐弟从Smash那解救了出来。因为伊能贤吾的洗脑，民众们向战兔袭来。火星灭亡后，为了毁灭地球，Blood族在这10年里，一直作为影子暗中活动。Evolto因为没参与其中，导致三人被灭亡。战兔在逃跑的途中，突然出现了两只狗，看到狗实在太可爱了，战兔忍不住为其拍照。结果不巧被民众发现了，又跑了出去。足球场的应援席里，一海与幻德达成一致。但是这时北都知事---才贺涼香出现了，并变成剪刀Smash，与Rogue和Grease打了起来。听到是乡原光臣当初提出把香澄变成Smash的，万丈立刻变成Cross-z Magma，与变身成斑马Smash的光臣打了起来。但是这时，伊能贤吾现身，将万丈洗脑了。战兔为了调查【极计划】，这时伊能贤吾与被洗脑的万丈现身了，万丈变身成Great Cross-z向战兔袭来。战兔也变身为Rabbit Rabbit形态迎战。可是被斑马Smash和剪刀Smash抓住不能动弹，又受到Great Cross-z的【Great Dragon Finish】的重击，导致变身解除了。一海和幻德被才贺涼香抓住了，这时内海出现了说想要挤压腰带就下跪吧。只有幻德下跪了取回了腰带。变身解除的战兔被万丈夺走了危险扳机，交给了伊能贤吾。与剪刀Smash、斑马Smash和万丈三人一样，伊能贤吾使用【伟大穿越龙】、【眼镜蛇迷失满瓶】和【危险扳机】变身成了假面骑士Blood。就在Blood要给肉身的战兔致命一击的时候，Evolto为救战兔而赶来了。